政府和社会资本合作（PPP）项目涉及主体多、时限长，上位法规尚未出台，税收问题相对比较复杂。在PPP项目实际操作过程中，税收方面的问题在具有共性的税种和部分或有税种上都会体现，其中除印花税争议不大之外，PPP项目在增值税、企业所得税、房产税、契税、土地增值税、城镇土地使用税等税种上都有一定程度的不明确。具体来讲，主要存在三个方面的问题。
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　　增值税处理主要涉及三方面问题
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　　PPP项目涉及增值税的问题主要包括增值税是否计入建设投资、增值税进项抵扣、政府补贴与政府付费是否缴税三个方面的问题。
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　　01增值税是否计入建设投资？
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　　建设投资是否含税对政府和社会资本方影响较大。营改增之后，发改委、住建部等项目投资管理部门之前发布的《建设项目经济评价方法与参数》(第三版)等相关指导文件尚未及时修订，加上PPP项目目前尚处于政策完善和探索实践之中，在项目实施方案编制和招标等阶段，建设投资是否含税问题操作上不尽相同，对政府付费影响较大。
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　　PPP项目付费机制包括政府付费、可行性缺口补助、使用者付费三种模式。使用者付费类项目运营、市场、测算风险等主要由社会资本方承担，是市场化行为，在此不作讨论。对于政府付费和可行性缺口补助类的项目，增值税的计算对项目能否顺利运营影响较大。根据《政府和社会资本合作项目财政承受能力论证指引》，政府付费模式付费金额计算公式为：
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　　当年运营补贴支出数额=项目全部建设成本×（1+合理利润率）×（ 1+年度折现率 ）+ 年度运营成本×（1+合理利润率）
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　　财政运营补贴周期（年）
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　　可行性缺口补助模式政府补贴金额计算公式为：
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　　当年运营补贴支出数额=项目全部建设成本×（1+合理利润率）×（ 1+年度折现率 ）+年度运营成本×（1+合理利润率）-当年使用者付费数额
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　　财政运营补贴周期（年）
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　　两个计算公式中，项目全部建设成本即为《建设项目经济评价方法与参数(第三版)》中的建设投资，在PPP项目运作过程中，建设投资是否含税对政府付费金额和企业能否正常运营影响均较大。一些机构在设计方案时，或是有意或是因专业知识欠缺，将含税价计入建设投资，加大政府支付负担，造成了国家财产损失，因此明确建设投资是否含税显得迫切而重要。
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　　建设投资应作不含增值税计算。在营改增之前，建筑业征收营业税，营业税作为价内税，其金额包含在工程造价成本内，建设投资包含营业税。2016年5月1日，营改增全面推行，PPP项目工程建设相关参数也发生了变化。为适应营改增的要求，住建部下发《住房城乡建设部办公厅关于做好建筑业营改增建设工程计价依据调整准备工作的通知》，明确了工程造价可按以下公式计算：工程造价=税前工程造价×（1+11%）
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　　其中，11%为建筑业增值税税率，税前工程造价为人工费、材料费、施工机具使用费、企业管理费、利润和规费之和，各费用项目均以不包含增值税可抵扣进项税额的价格计算，相应计价依据按上述方法调整。
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　　因此，项目公司从建设施工单位收到的增值税专用发票金额包括建设投资和增值税进项两方面的金额，其中，建设投资即为项目全部建设成本，政府根据设计好的付费机制给予资金成本和合理利润，增值税进项待项目进入运营期后由增值税销项税额进行抵扣。
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　　02增值税进项税如何抵扣？
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　　PPP项目建设期一般由项目公司招标选择施工单位，或者直接与具有相关资质和能力的社会资本方签订工程承包合同，项目完成后由施工单位向项目公司开具增值税专用发票，该专用发票上的增值税金为项目公司的进项税额。对于工程量较大的PPP项目，如公路、综合管廊、铁路、综合开发等项目，由于建设投资较大，加上建筑业增值税率为11%，可能会产生两个问题：一是增值税进项税额较大产生的资金成本对企业造成较大损失，二是增值税进项税额在项目合作结束时仍不能完全抵扣的问题。
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　　资金成本问题。对于建设投资额较大的PPP项目，增值税进项税额较高，项目公司在建设期内均不会有运营收入，也不会产生相应的增值税销项税额，前期支付的进项税额较高、后期增值税销项抵扣时间较长将直接影响社会资本方的资金占用成本。
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　　抵扣不足问题。由于PPP项目增值税进项税额较大、进项税率和销项税率一般并不相同等原因，在项目合作期间可能存在增值税进项不能全部抵扣的问题。如，建筑业增值税率为11%，政府付费类项目销项税率按照6%计算，就可能产生上述问题，特别是对于免征增值税的PPP项目，进项税额不能抵扣的问题更加显著，需要相关部门明确处理方法。
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　　03政府付费与政府补贴如何缴税？
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　　实务中，对于政府付费与可行性缺口补助类项目，由于项目涉及政府付费或财政补贴，该部分收入是否缴纳增值税并没有明确的政策规定，《国家税务总局关于中央财政补贴增值税有关问题的公告》指出，按照现行增值税政策，纳税人取得的中央财政补贴，不属于增值税应税收入，不征收增值税。但对于地方政府具有付费责任的PPP项目增值税处理没有明确规定。在项目实际操作中假设不征税、假设正常征税等各种处理办法都有，同一个项目不同机构测算的结果可能差异很大。如果对政府付费或政府补贴征税，则存在地方财政补贴中央的问题；如果不征税，又没有明确的法律依据，地方政府会面临一定的风险，这方面的问题需要有关部门进一步明确。

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